Coronel da Força Aérea Russa e Cosmonauta Teste do Destacamento de Cosmonautas do Centro de Treino de Cosmonautas Yuri Gagarin, Anton Nikolayevich Shkaplerov nasceu a 20 de Fevereiro de 1972 em Sevastopol. É casado com Tatyana Petrovna e têm duas filhas.
Os seus principais passatempos incluem desporto, viagens, pesca e golf.
Anton Shkaplerov completou o seu treino de voo a bordo do Takovlev Yak-52 no Clube de Aviação de Sevastopol em 1989. Após terminar os estudos na Escola Secundária de Sevastopol em 1989, ingressou na Escola de Pilotos de Teste de Kachinsk, formando-se em 1994. Em 1997 formava-se na Escola de Engenharia da Força Aérea de N. E. Zukovskiy.
Após a sua formação académica serviu como piloto instrutor sénior na Força Aérea Russa, tendo voado três tipos distintos de aviões, o Yakovlev Yak-52, o L-29 e o MiG-29. Shkaplerov é piloto instrutor de Classe 2 da Força Aérea Russa. É também instrutor do Treino Geral de Pára-quedas e executou mais de 300 saltos.
Foi seleccionado como candidato a cosmonauta teste do Centro de Treino de Cosmonautas Yuri Gagarin a 29 de Maio de 2003. Entre Junho de 2003 e Junho de 2005 frequentou o treino básico de cosmonauta. Em 2005 é qualificado como cosmonauta teste.
Entre Abril e Outubro de 2007 serviu como Director de Operações da Agência Espacial Russa Roscosmos no Centro Espacial Johnson, Houston – Texas.
A sua primeira nomeação foi como Comandante da tripulação suplente da Soyuz TMA-17 e como membro da tripulação suplente da Expedição 22/23, levando a cabo sessões de treino entre Julho de 2008 e Dezembro de 2009. Desde Dezembro de 2009 levou a cabo a sua preparação como Comandante da tripulação suplente da Soyuz TMA-21 da Expedição 27/28.
Anton Nikolayevich Shkaplerov tornou-se no 111º cosmonauta da Rússia e no 521º ser humano (juntamente com Anatoli Aleievich Ivanishin) a realizar um voo espacial orbital.